耐克(苏州)体育用品有限公司,在1996年正式成立,是国际著名跨国公司耐克股份有限公司在中国投资注册的全资子公司,在苏州太仓设有生产工厂部,经营上受制于耐克苏州公司上海总部。苏州耐克公司与耐克国际股份公司签订有《工业产权许可及独占分销协议》,该协议要求苏州耐克公司从2000年6月开始,按照其耐克产品在国内销售额的6%支付给耐克国际股份有限公司作为耐克商标使用权费。2002年年初,苏州海关下属太仓海关对耐克公司对外支付的商标使用权费补征了税款235万元。苏州海关按照WTO的协议,商标使用权费这种间接支付被严格认定为(海关征收所基于的)成交价格的组成部分。

但是，耐克公司却认为自己已经在进口环节之后缴纳了增值税和所得税，海关的补税是双重征税。据了解，耐克公司2002年在中国实现销售额超过7亿元，如果它正常对外支付商标使用权费，金额应该超过4200万元（7亿元×6%=4200万元）。太仓海关表示，苏州耐克公司对外支付给母公司的商标使用权费应该在海关环节征税，而不是在支付环节征所得税和营业税。经过半年时间的"讨论"，耐克公司终于认可太仓海关的意见，同意向海关补缴税款235万元。在耐克方面看来，这个表面上是纳税环节的问题，实际上是税务系统的问题，"海关与税务，各自要拿各自那一块"。

太仓海关介绍对耐克公司查税的起因："耐克公司营业额很高，利润率非常高，成本低，实际上效益很好，但是账面上并不盈利，是亏损。他们逃不逃国内利润，不是我们海关管，但是我们可以管他们是否在海关出口环节有税款遗漏。"据介绍，当地大多数外资企业都这样。有些企业每年有3000万到4000万美元的特许使用权费支出，都作为成本打掉，这样一减以后，就没有利润了。由于特许使用权费在跨国公司的利润转移中往往扮演重要角色，因此海关在入世后对商标使用费等的监管更加严格了，虽然WTO的方向肯定是会向国际惯例走，但是现在还没有到那一步，关于特许使用权费的关税减免问题，也还有5年的过度时间。在这个过程中，有关法规可能发生改变，但并非没有明确规定