合作企业的组织机构设置有较大的灵活性，可以采取董事会制、联合管理制和委托管理制三种形式。具备法人资格的合作企业一般采取董事会制，不具备法人资格的合作企业一般采取联合管理制。其组成和会议召开、表决程序同中外合资经营企业大致相同。其不同之处分述如下：（1）董事或委员可书面委托他人代表其出席，若无正当理由不出席，又未委托他人代为出席，视为出席并在表决中弃权。弃权人算作出席人数，（2）会议召开日10天前通知全体董事或委员。亦可用通讯方式作出决议。（3）董事会决议或联合管理委员会作出决议一般由出席会议的董事或委员过半数通过，但合作企业章程的修改、注册资本的增加和减少、合作企业的解散、合作企业的资产抵押、合作企业的合并、分立和变更组织形式以及合作各方约定的其他一致同意方可通过的事项，应由出席会议的董事或者委员一致通过，方可作出决议。（4）联合管理制可以不设经营管理机构，由联合管理机构直接管理企业。（5）中外合作经营企业的董事的任职期限不得超过3年，可以连任。